Molekulare Phylogenie ist ein Teilgebiet der Biologie und der Evolutionsforschung, das sich mit der Untersuchung der Verwandtschaftsbeziehungen zwischen verschiedenen Arten und Organismen auf der Grundlage von molekularen Daten befasst. Dabei werden vor allem genetische Informationen, wie die DNA-Sequenzen oder Proteinsequenzen, verwendet, um evolutionäre Verwandtschaften zu rekonstruieren und Stammbäume (Phylogenie) zu erstellen.
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